土壤总dna提取及检测注意事项

　　土壤总DNA提取及检测是环境微生物学、土壤生态学和宏基因组学研究的关键步骤。由于土壤成分复杂(含腐殖质、金属离子、黏土颗粒等)，DNA提取难度大，易受抑制物干扰。因此，操作过程需严格规范，以确保获得高质量、高纯度的DNA用于后续PCR、qPCR、高通量测序等分析。

　　土壤总DNA提取注意事项

　　1. 样品采集与保存

　　采样工具：使用无菌铲子、镊子、离心管，避免交叉污染。

　　采样深度：根据研究目的(如根际、表层、深层)确定，通常取0–20 cm表层土。

　　样品处理：

　　去除石块、植物残根、昆虫等杂物。

　　过2 mm筛，混匀后取样。

　　保存：

　　短期(<1周)：4°C保存。

　　长期：立即置于-80°C冰箱或液氮中速冻，避免DNA降解。

　　不推荐长期4°C或室温保存，微生物活动和酶解会导致DNA降解。

　　建议：采集后尽快提取，或冷冻保存，避免反复冻融。

　　2. DNA提取方法选择

　　商业试剂盒法(推荐)：

　　如MoBio PowerSoil DNA Isolation Kit、FastDNA Spin Kit、NucleoSpin® Soil等。

　　优点：操作简便、重复性好、去除抑制物能力强。

　　缺点：成本较高。

　　CTAB/SDS法(传统自配法)：

　　优点：成本低，适合大批量。

　　缺点：步骤繁琐，易残留腐殖酸等PCR抑制物。

　　建议：优先使用专用于土壤的商业DNA提取试剂盒，可有效去除腐殖酸、多糖、酚类等干扰物质。

　　3. 提取过程关键点

　　机械裂解：使用 bead beating(玻璃珠或陶瓷珠震荡)可有效破碎微生物细胞壁(尤其真菌、放线菌)。

　　化学裂解：SDS、CTAB等去垢剂破坏细胞膜。

　　去除杂质：

　　腐殖酸：与DNA共沉淀，影响A260/A280比值和PCR。

　　多糖、多酚、金属离子：抑制后续酶反应。

　　试剂盒中的吸附柱或离心洗涤步骤可有效去除。

　　洗脱体积：控制在50–100 μL，避免DNA浓度过低。

来源：网络